國立員林高級中學於民國97年申請獲教育部中部辦公室遴選為第二批實施校務基金學校之一，本室積極推動基金運作及會計業務電腦化，並於97會計年度開放預算控制系統上網登錄。「主計室」原名「會計室」，為配合「主計機構人員設置管理條例」第六條及教育部會計處102教會二005號通報，自民國102年1月1日起更名為「主計室」。

　　本室現有會計作業皆由會計作業系統處理，並有網路預算請購系統作為各單位預算請購、執行、控制及查詢等功能，有效提供各種報表供使用單位參考。現置主任一人、組員一人、佐理員一人，合計三人。主計室近幾年在楊春菊主任、李光朗主任、邱玉粟主任、宋素蕙主任、謝宏彬主任、黃達新主任(現任)的規劃帶領，以及主計室同仁們細心負責的執行業務，配合學校校務推動發展，執行各項預算的籌編執行核銷等業務。